近日,浙江大学人命科学学院王智烨课题组在Plant Communications发表题为“Unfolding of RNA secondary structure impairs RNA stability to fine-tune phosphate starvation responses in rice roots”的扣问效果,揭开了RNA二级结构(RSS)这一“荫藏密码”在水稻缺磷要挟反馈中的调控作用。浙江大学人命科学学院王智烨扣问员为该论文通信作家,博士后金琼莉为著述第一作家。
课题组最初收受优化的水稻体内RNA二级结构检测时刻(DMS-MaPseq),告捷绘图出普通培养、缺磷和缺氮要挟条目下水稻根组织的高质地、高掩盖度体内RSS图谱,系统融会了不同营养窘境要挟下RSS的动态变化特征。分析截至标明,缺磷要挟可指令水稻全转录组范畴内的RSS解折叠,并陪同RNA结构万般性的显耀加多。课题组武断出几千个缺磷特异反馈的RSS解折叠区域。这类RSS变化区域举座呈现低GC含量和高开脱能水平的特征,且大量富集于磷饥饿反馈基因转录本的编码区(CDS区)。这些截至让科研团队估计,RNA二级结构的动态变化很可能在水稻缺磷要挟反馈中剖析平庸调控功能。
为考据这一估计,课题组开展了多维度的组学及功能考据实践。扣问最初相聚翻译组数据分析,证据缺磷特异反馈的RSS解折叠与基因翻译效用之间总体并无显耀研究性,抹杀了其翻译调控这一潜在阶梯。随后,课题组通过全转录组RNA降解实践发现,缺磷要挟可显耀裁减水稻根组织中全转录组RNA的半衰期。在此基础上的组学比拟分析标明,缺磷特异反馈的RSS解折叠与RNA雄厚性下落存在显耀研究性。为考据这一关联的因果干系,课题组运用RSS突变体转基因水稻开展功能考据,证据缺磷特异反馈的RSS解折叠可径直诽谤磷饥饿反馈转录本的RNA雄厚性,进而参与水稻缺磷要挟反馈和磷稳态的细致调控。

水稻体内RNA二级结构动态变化介导缺磷要挟反馈的功能融会